Les recherches actuelles de Valérie Amiraux, portent sur la discrimination religieuse des minorités croyantes dans certains États-membres de l’Union européenne, sur le rôle de l’arène juridique dans la régulation des conflits autour du port de signes religieux (France-Grande-Bretagne) et, plus récemment, sur l’articulation entre pluralisme et radicalisation. Dans tous ses projets, elle compare plusieurs minorités croyantes (juives, sikhes, musulmanes) et différents contextes.