Ses principaux domaines de recherche sont le genre et la politique étrangère (en particulier le concept de politique étrangère « féministe ») ; le genre et la sécurité ; les droits des femmes dans les sociétés divisées post-conflit ; et la santé et les droits sexuels et reproductifs dans l’élaboration des politiques internationales. Jennifer Thomson travaille actuellement sur un projet de trois ans portant sur la politique étrangère féministe et l'ordre libéral, financé par le Conseil de la recherche économique et sociale du Royaume-Uni. 

Lors de sa résidence au CÉRIUM, Jennifer Thomson donnera une conférence intitulée Feminism Saves the World : la politique étrangère féministe et la crise de l'ordre libéral.